Окончил Московскую консерваторию им. П. И. Чайковского (класс скрипки проф. И. Фролова) и аспирантуру того же ВУЗа (класс камерного ансамбля проф. Н. Коган). Дирижерское образование он получил в Уральской консерватории им. М. П. Мусоргского (класс профессора В. Карташева), а также стажировался в классе профессора И. Дронова в Московской консерватории.

Лауреат престижных профессиональных конкурсов им. Н. Г. Рубинштейна
и Д. Д. Шостаковича.

В качестве скрипача выступал солистом в ансамбле «Студия новой музыки», а также сотрудничал с многочисленными оркестрами и камерными коллективами, включая Ensemble Modern, Симфонический оркестр Ниццы, Азербайджанский филармонический оркестр, SOUND UP и Musica Viva. Осуществил ряд премьер скрипичных произведений как зарубежных, так и российских композиторов: Д. Лигети, Дж. Шельси, Ф. Янова-Яновского, А. Рыбникова, К. Уманского и других. В 2022 году вместе с Оркестром центра современной музыки С. Губайдулиной (Казань) записал альбом скрипичных произведений отечественных авторов в рамках проекта Союза композиторов России «Звуковой обзор».

Важная составляющая скрипичного творчества Станислава Малышева — игра в составе струнного квартета. Ансамбль возвращает слушателям забытые имена ХХ века (М. Вайнберга, И. Вышнеградского, А. Лурье, Л. Книппера, С. Протопопова, А. Мосолова, Н. Рославца) и открывает новые (Й. Видманна, Б. Десснера, Г. Прокофьева, Н. Хрущевой, Э. Низамова, П. Карманова, А. Хубеева, Н. Попова). В сезоне 2023/2024 музыканты исполнили все квартеты Д. Шостаковича, дополнив цикл сочинениями его современников.

Станислав Малышев играл на крупнейших мировых сценах: в берлинском Konzerthaus, парижском Cité de la musique, Большом зале Московской консерватории, Концертном зале им. П. И. Чайковского, Большом зале «Зарядья». Также был участником авторитетных международных фестивалей: La Biennale Di Venezia, Beethoven Fest, Nice Manca Musical Festival, St. Gallen.

Как дирижер Малышев выступал со Студией новой музыки, симфоническим оркестром республики Татарстан, работал с Камерным хором Московской консерватории и оркестром «Новая музыка», а кроме того, был дирижером-постановщиком опер В. А. Моцарта «Дон Жуан» и «Волшебная флейта». В рамках фестиваля актуальной музыки SOUND UP он впервые в России исполнил моно-программу из сочинений Г. Прокофьева, сделал московскую премьеру его ключевого произведения Concerto for Turntables, а также осуществил российские премьеры партитур знаменитого исландского композитора Й. Йоханнссона.

Основу творчества Станислава — и в скрипичном, и в дирижерском амплуа — составляет современный репертуар. В 2019 году Малышев создал коллектив из молодых музыкантов OpensoundOrchestra, в котором объединил лучших музыкантов Москвы, ориентированных на интерпретацию новейшей музыки. Вместе с оркестром он активно продвигает творчество молодых российских авторов, в том числе И. Демуцкого, А. Поспеловой, М. Аникеевой, А. Хубеева, В. Горлинского, сотрудничает с композиторами-мэтрами старшего поколения: В. Мартыновым, Ю. Каспаровым, Э. Артемьевым. С OpensoundOrchestra Станислав исполнил мировые и российские премьеры симфонических произведений Г. Прокофьева (Breaking Screens, 2020), К. Ярви (Frosen Tears, 2020), В. Мартынова («Рождественский Вертеп», 2022; «Благая весть», 2023), С. Ахунова (балет «Литургия», 2023), Н. Попова («Миражи», 2023), А. Зеленского (Sem-La, 2023), Стивена Госса («Венецианский карнавал», 2023). Ярким дирижерским проектом Станислава совместно с OpensoundOrchestra стало исполнение коллективного опуса К. Комольцева, С. Зятькова, А. Светличного и А. Бесогонова «Новые времена года» (2021).

Станислав Малышев неоднократно записывает саундтреки к популярным фильмам. Игру оркестра под его руководством можно услышать в таких кассовых хитах, как «Холоп-2», «Чебурашка», «Белый снег», «Один вдох», «Вызов», «Мастер и Маргарита». Также Станислав сотрудничает с джазовыми исполнителями: LRK Trio, А. Давидянцем, Д. Илугдиным, Marimba Plus. А в числе академических исполнителей, в разные годы сотрудничавших со Станиславом, — А. Любимов, Т. Гринденко, В. Репин, Н. Павлова, Д. Илларионов, Б. Андрианов, Е. Ревич, А. Дервоед, Н. Сивчук, М. Пастер, П. Осетинская, М. Дубов, Я. Дьякова и другие звезды российской и мировой сцены.