Одной из таких фигур был ученик Аристотеля Аристоксен, которого сейчас считают одним из отцов музыкальной теории. Он утверждал, что гармония, учение о музыке, должна не объяснять явления с помощью математических терминов, а описывать музыкальные структуры через анализ музыкальных элементов как объектов восприятия. Например, Аристоксен проводит различие между речевым и певческим голосом: первый характеризуется непрерывным движением в высотном пространстве, а второй — интервальным движением от одной высоты звука к другой. На основании этого различия он даёт определение ноты (φθόγγος, фтонгос) как любой высоты, на которой голос останавливается, как бы отдыхает, и которая имеет позицию в данной мелодической линии. Кроме того, Аристоксен предвосхитил феноменологическое, гуссерлианское представление о музыкальном времени:
...ибо мы должны воспринимать то, что возникает, и помнить то, что уже возникло. Не существует иного способа следить за содержанием музыки [Аристоксен].
Примечательно, что восприятие описывается не как простое осознание того, что присутствует в наших чувствах в данный момент, — оно включает в себя предвосхищение того, «что возникает». Для музыки — и это главный вклад Аристоксена — важно не только восприятие, но и память, и прогностические функции. Музыкальное восприятие, если прибегать к образу Гуссерля, похоже на комету, где настоящий момент — лишь ядро этой кометы.
С точки зрения Аристоксена, пифагорейский подход слишком оторван от реальной музыкальной практики — как исполнителей, так и слушателей. Музыкант настраивает струны на слух, а не высчитывает их длину, слушатель не вычисляет интервалы осознанно (вспоминаем Лейбница с его описанием музыки как «бессознательной арифметики»), а погружается в восприятие. Именно Аристоксен перенёс фокус теории с метафизики и математики на то, как музыка воспринимается человеком; иначе говоря, музыка требует языка на собственных основаниях, а не сводится к чему-то внешнему. Аристоксен предложил учение о динамисе (δύναμις) — отношении звука к другим звукам в ладу, его функции в этой системе — что предвосхитило современную теорию ладовой функции. На основе поэтической теории он разработал оригинальную концепцию ритма, считая его основой музыки. Ритм для Аристоксена был «порядком во времени» (τάξη του χρόνου): чередованием длинных и коротких звуков, а также акцентов, как в стихосложении.
К сожалению, детали учения Аристоксена с трудом поддаются реконструкции, так как до нас дошли лишь фрагменты его работ (к примеру, «Элементов гармонии» или «Элементов ритма»). Однако в Античности на основании взглядов Аристоксена сложилась целая школа эмпириков, которые противопоставляли себя пифагорейцам-каноникам. Это разделение предложила Птолемея из Кирены, единственная известная античная специалистка по теории музыки.
Несмотря на то, что поздняя Античность и Средние века длились более тысячи лет, этот период привнёс в философию музыки мало оригинальных идей. Распространение, а затем и доминирование христианства добавило только то, что музыка, наряду с другими искусствами, стала служанкой веры и добродетелей. Если перефразировать Гегеля, сквозь посюстороннее искусство в мир проникают отсветы потустороннего. В целом, христианское мышление о музыке базируется на античном: музыка мыслится как наука, а не как практика, и как гармония сфер. Главные философы поздней Античности, благодаря трактатам которых античное мышление о музыке пережило Средние века, — это Августин Блаженный и Северин Боэций.
В трактате-диалоге «О музыке», скорее техническом, Августин, христианский философ и отец церкви, пишет, что музыка — это искусство правильного вычисления, правильного модулирования, то есть привнесения меры в бесформенное посредством ума. Модулирование (от слова «modus» — «мера») отличает богоугодное от небогоугодного, так как речь, направляемая разумом, добродетельна и красива, а немодулированная речь — греховна. С точки зрения христианства, Бог сотворил всё по мере и числу, следовательно, во всех деяниях человека важна мера. Важна она и в музыке, которая является чувственным выражением заповедей Божиих, отступление от которых — грех.
В своей знаменитой «Исповеди» Августин выражает опасливый взгляд на музыку: с одной стороны, она может быть полезна в служении Богу, в настраивании душ на правильный лад; с другой стороны, она может уводить верующих от мышления о Боге и вводить их в искушение чувственного, а значит, плотского, удовольствия.